Od 1 października 2019 roku Instytut Archeologii Wydziału Nauk Historycznych UMK w Toruniu tworzą cztery katedry:
Katedra Archeologii Środowiskowej i Paleoekologii Człowieka
Kierownik – prof. dr hab. inż. Daniel Makowiecki
Katedra Prahistorii
Kierownik – dr hab. Jacek Gackowski, prof. UMK
Katedra Starożytności i Wczesnego Średniowiecza
Kierownik – prof. dr hab. Wojciech Chudziak
Katedra Średniowiecza i Czasów Nowożytnych
Kierownik – dr hab. Dariusz Poliński, prof. UMK
i trzy laboratoria :
Laboratorium Dokumentacji, Konserwacji i Gromadzenia Zabytków Archeologicznych
Laboratorium Bioarcheologiczne
Laboratorium Traseologii