Początki archeologii w Uniwersytecie Mikołaja Kopernika sięgają 1946 roku. Wówczas to na Wydziale Humanistycznym powstała Katedra Prehistorii, której organizatorem i kierownikiem został wybitny znawca wczesnego średniowiecza prof. dr hab. Roman Jakimowicz. Do 1950 roku w Katedrze działali także dr Helena Hołubowicz i dr Włodzimierz Hołubowicz, pierwszy doktor archeologii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika.
Roman Jakimowicz urodził się 12 maja 1889 roku w Juriewie Polskim (obecnie w obwodzie włodzimierskim w Federacji Rosyjskiej). Jeden z czołowych polskich archeologów II Rzeczypospolitej. W okresie międzywojennym kierował Państwowym Gronem Konserwatorów Zabytków Przedhistorycznych. Był organizatorem Państwowego Muzeum Archeologicznego w Warszawie, a do II wojny światowej również jego dyrektorem. Ze stanowiska tego został zwolniony przez niemieckie władze okupacyjne. Jako specjalista w dziedzinie archeologii wczesnego średniowiecza był współautorem Prehistorii ziem polskich, przygotowanej jeszcze w okresie międzywojennym przez Polską Akademię Umiejętności, lecz wydanej dopiero w 1948 roku. Główny wkład w polską archeologię stanowią jego pionierskie prace na temat wczesnośredniowiecznych skarbów. W dniu 1 czerwca 1946 roku został mianowany przez rektora Ludwika Kolanowskiego, profesorem nadzwyczajnym Zakładu Prehistorycznego na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Mikołaja Kopernia w Toruniu. Profesor Roman Jakimowicz kierował Zakładem do śmierci w roku 1951.
W 1952 roku Katedrę Prehistorii przemianowano na Katedrę Archeologii Polski i Powszechnej, wówczas wykładowcą został dr Kazimierz Żurowski. W 1962 roku Katedra Archeologii uzyskała prawo kształcenia archeologów – w latach 1966-1968 studia ukończyły dwa roczniki (13 absolwentów).
Kazimierz Żurowski urodził się 12 sierpnia 1909 roku w Zagórzu (obecnie woj. Podkarpackie). W latach 1934-1938 studiował na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie, który ukończył broniąc pracę na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. W latach 1939-1940 był asystentem w Katedrze Prehistorii Uniwersytetu Jana Kazimierza, a następnie kierownikiem działu archeologicznego w Państwowym Muzeum Historycznym we Lwowie. Po wojnie podjął pracę w Instytucie Badania Starożytności Słowiańskich Uniwersytetu Poznańskiego. W 1949 roku został kierownikiem stacji badawczej na Ostrowie Lednickim i w Gnieźnie z ramienia Kierownictwa Badań nad Początkami Państwa Polskiego. W 1952 roku przyjął stanowisko wykładowcy w Katedrze Archeologii Polski i Powszechnej UMK. Pełnił funkcję jej kierownika od 1953 do 1976 roku. W latach 50-tych K. Żurowski prowadził inwentaryzację grodzisk na Pomorzu. W latach 1966-1969 był prodziekanem, a od roku 1962 dziekanem Wydziału Nauk Historycznych Uniwersytetu Mikołaja Kopernika, zaś w latach 1966-1969 kierownikiem Katedry Archeologii Polski i Powszechnej Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu. Stanowisko profesora nadzwyczajnego UMK otrzymał w roku 1964.
W 1976 roku powstał Instytut Archeologii i Etnografii obejmujący dwa zakłady Archeologii i Etnografii. Jego pierwszym dyrektorem w latach 1976 -1979 został K. Żurowski. W 1994 roku. kiedy Zakład Etnografii został przemianowany na Zakład Etnologii, zmieniono nazwę Instytutu na Archeologii i Etnologii, od stycznia 2003 roku zaś, w związku z powołaniem Katedry Etnologii – na Instytut Archeologii.
Doc. dr Jerzy Olczak, dyrektor Instytutu Archeologii i Etnografii w latach 1979-1981.
Jerzy Olczak urodził się 31 lipca 1929 roku w Bydgoszczy. W 1955 roku na Uniwersytecie Poznańskim obronił pracę magisterską napisaną pod opieką W. Hensla, zaś promotorem jego pracy doktorskiej był J. Kostrzewski. W roku 1990 roku przedstawił rozprawę habilitacyjną. Tytuł profesora nadzwyczajnego otrzymał w 1992 roku, zaś profesora zwyczajnego siedem lat później. Przewodniczący Sekcji Archeologicznej Polskiego Towarzystwa Historycznego w Toruniu, wiceprzewodniczący Komitetu ds. Muzeów i Zbiorów Szkła. Laureat trzech nagród Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego za działalność naukową (III° i II°), odznaczony honorowo „Za zasługi dla rozwoju woj. koszalińskiego” i otrzymał również złote odznaczenie ZNP. Redaktor naczelny czasopism: Archaeologia Historica Polona i Acta Universitatis Nicolai Copernici – seria archeologia.
Doc. dr hab. Krystyna Przewoźna-Armon, dyrektor Instytutu Archeologii i Etnografii w latach 1981-1984.
Krystyna Przewoźna-Armon urodziła się 23 maja 1928 roku w Gnieźnie. W 1953 roku uzyskała tytuł magistra na Uniwersytecie Poznańskim jako uczennica prof. W. Hensla, J. Czekanowskiego i J. Kostrzewskiego. W 1962 roku obroniła w Instytucie Historii Kultury Materialnej Polskiej Akademii Nauk doktorat, którego promotorem był W. Hensel, w 1971 roku otrzymała stopień doktora habilitowanego. Członek Toruńskiego Towarzystwa Naukowego, Komisji Archeologicznej PAN oraz Polskiego Towarzystwa Archeologicznego i Numizmatycznego.
Prof. dr hab. Jadwiga Chudziakowa dyrektor instytutu Archeologii i Etnografii (Etnologii) a następnie Instytutu Archeologii w latach 1984-2005.
Jadwiga Chudziakowa urodziła się 25 lutego 1935 roku w Grudziądzu. W 1958 roku na Uniwersytecie Poznańskim obroniła pracę magisterską, pod kierunkiem prof. J. Kostrzewskiego, w 1970 roku doktorat, którego promotorem był prof. K. Żurowski, zaś w roku 1980 przedstawiła rozprawę habilitacyjną. W roku 1991 uzyskała stanowisko profesora nadzwyczajnego, zaś od 2003 roku profesora zwyczajnego. Perez Stowarzyszenia Konserwatorów Zabytków w Oddziale Toruńskim (1990-1993), członek założyciel Zarządu Głównego Stowarzyszenia Naukowego Archeologów Polskich, członek International Council of Museums, członek Komitetu Archeologicznego PAN w Oddziale Poznańskim od 1999 roku, przewodnicząca Rady Konserwatorskiej przy Wojewódzkim Konserwatorze Zabytków (1989-1991), przewodnicząca Uniwersyteckiego Centrum Archeologii Średniowiecza i Nowożytności od 1992 roku. W 1975 roku otrzymała Złote Odznaczenie „Za Opiekę nad Zabytkami”, w 1984 roku medal 750-lecia miasta Torunia, w 1990 – medal „Zasłużonego Działacza Kultury”, zaś w roku 2006 roku Medal Komisji Edukacji Narodowej. Jest laureatką Nagrody Rektora I stopnia za działalność organizacyjną w latach 1984-2005.
Prof. dr hab. Andrzej Nowakowski, dyrektor Instytutu Archeologii w latach 2005-2009.
Andrzej Nowakowski urodził się 7 maja 1939 roku w Lublinie. W roku 1962 na Uniwersytecie Łódzkim obronił magisterium, gdzie w tym samym roku został zatrudniony jako asystent w Katedrze Archeologii. Dwa lata później uzyskał stanowisko asystenta w Instytucie Historii Kultury Materialnej Polskiej Akademii Nauk. Od początku kariery zawodowej związany był także z Muzeum Archeologicznym i Etnograficznym w Łodzi, z ramienia którego prowadził badania archeologiczne. W 1971 roku obronił doktorat, którego promotorem był prof. A. Nadolski. Rozprawę habilitacyjną przedstawił w 1980 roku. W 1991 roku otrzymał stanowisko profesora nadzwyczajnego, w 1995 roku tytuł profesora. W roku 1991 został zatrudniony w Instytucie Archeologii i Etnografii UMK. Jest laureatem kilku nagród: Ministra Szkolnictwa Wyższego (1971), „Zasłużony Działacz Kultury” (1983) i Polskiej Akademii Nauk im. J. Lelewela (kilku nagród: Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego (1971), „Zasłużony Działacz Kultury” (1991), otrzymał także złote odznaczenie „Za Opiekę nad Zabytkami” (1985).
Prof. dr hab. Wojciech Chudziak, dyrektor Instytutu Archeologii od 2009 roku.
Wojciech Chudziak urodził się 20 maja 1962 roku w Toruniu, w 1985 roku obronił pracę magisterską, napisaną pod kierunkiem J. Olczaka w Instytucie Archeologii i Etnografii UMK w Toruniu. Doktorat przedstawił na Uniwersytecie Poznańskim w 1991 roku, rozprawę habilitacyjną w 1997. Stanowisko profesora UMK otrzymał w 1999 roku, a tytuł profesora w 2005 roku. W latach 2005-2009 wicedyrektor Instytutu Archeologii UMK. Członek: Rady Konsultantów Ośrodka Ratowniczych Badań Archeologicznych (2001-2007), Rady ds. Archeologii przy Ministrze Kultury (2003-2004), Rady Uniwersyteckiego Centrum Archeologii Średniowiecza i Czasów Nowożytnych oraz Rady Ochrony Zabytków przy Ministrze Kultury i Dziedzictwa Narodowego w latach 2008-2011. Laureat złotej odznaki „Za Opiekę nad Zabytkami” (2003) i nagrody Marszałka Województwa Kujawsko-Pomorskiego w dziedzinie kultury (2003).
Do 2019 roku Instytut Archeologii tworzyło osiem zakładów: Zakład Starszej i Środkowej Epoki Kamienia, Młodszej Epoki Kamienia, Epoki Brązu i Żelaza, Archeologii Antycznej, Archeologii Wczesnego Średniowiecza, Archeologii Późnego Średniowiecza i Nowożytności, Archeologii Architektury, Archeologii Podwodnej; pięć pracowni: Rekonstrukcji Środowiska Przyrodniczego, Traseologii, Dokumentacji i Konserwacji, Metod Komputerowych i Naukowo-Techniczna.
Od 1 października 2019 roku Instytut Archeologii Wydziału Nauk Historycznych UMK w Toruniu tworzą cztery katedry: Katedra Archeologii Środowiskowej i Paleoekologii Człowieka, Katedra Prahistorii, Katedra Starożytności i Wczesnego Średniowiecza, Katedra Średniowiecza i Czasów Nowożytnych, i trzy laboratoria: Laboratorium Dokumentacji, Konserwacji Gromadzenia Zabytków Archeologicznych, Laboratorium Bioarcheologiczne, Laboratorium Traseologii.